Uspostavljeni su režimi zaštite I, II i III stepena.
I. Zona zaštite prirode (režim zaštite I stepena) ima karakter specijalnog rezervata prirode i obuhvata Malo ratno ostrvo u celini, zonu priobalja Velikog ratnog ostrva, šumski kompleks, vlažna područja unutar Velikog ratnog ostrva i vodene površine oko Malog ratnog ostrva.
II. Zona rekreacije (režim zaštite II stepena) obuhvata unutrašnje delove Velikog ratnog ostrva, nekadašnje obradive površine koje se i sada koriste na taj način, livadske površine priobalja prema Dunavcu, koje su sada delimično zauzete bespravno izgrađenim objektima, kao i lokaciju javnog pristana sa kontrolisanom javnom saobraćajnicom i zaštitnom zonom u širini od 10 m koja povezuje ovu lokaciju sa plažom Lido.
III. Zona turizma (režim zaštite III stepena) obuhvata plažu Lido sa planiranim proširenjem gde se mogu organizovati turističke — rekreativna ponuda i novi sadržaji.
Pored navedenih režima zaštite primenjuju se i režimi zaštite utvrđeni zakonom Republike Srbije i drugim propisima kojim se uređuje upravljanje međunarodnim plovnim putevima, zaštita vodosnabdevanja i vodoprivrednih objekata, zaštita močvarnih područja, kao i zaštita lovnih i ribolovnih rezervata. Po Međunarodnom statusu je značajno područje za ptice IBA (Important Bird Areas) i Evropske mreže zaštićenih prirodnih dobara Emerald (Emerald Area).